専門外来1：網膜外来
加齢黄斑変性に対する高い診断技術を基盤にして抗VEGF 治療や光線力学的療法を行っており、山梨県内外からの多くの紹介患者さんが訪れます。また倫理委員会審査の必要な網膜静脈閉塞症に対する抗VEGF製剤硝子体注射治療目的でも、多くの患者さんの紹介診療を引き受けています。また網膜色素変性患者さんに対して、独自のシステムでの進行評価を提供しています。
専門外来2：糖尿病外来
失明原因最多の糖尿病網膜症患者さんに対するレーザー治療と手術治療を中心に行っています。さらに糖尿病黄斑症に対する、球後注射療法、硝子体注射療法、手術治療も診療の主体です。
専門外来3：緑内障外来
患者さんの一生にわたって管理が必要な慢性疾患である緑内障に対して、広域病診連携システムを利用した一元管理の緑内障診療を行っています。また隅角評価が診療上重要な閉塞隅角緑内障患者さんに対して、高周波断層検査や独自に開発した定量的スリットランプ前房深度検査（SPAC）を利用した専門的診療を行っています。
専門外来4：角膜外来
水泡性角膜症、円錐角膜、角膜ジストロフィ、ヘルペス性角膜炎など難治性の角膜疾患は多種多様です。その診断と角膜移植手術やエキシマレーザー治療など大学病院ならではの特殊治療を行っております。
専門外来5：斜視外来
小児の乳児内斜視、調節性内斜視、間欠性外斜視など頻度の高い斜視患者さんから、成人の外斜視、強度近視内斜視、斜筋異常など種々の眼位異常の診断と手術治療を行っています。
専門外来6：涙道外来
流涙、目やになど涙道狭窄・閉塞、涙嚢炎に対して涙液分泌機能検査、涙管通水検査、涙道内視鏡検査など行います。
治療は涙点切開や涙道内視鏡を用いた涙管チューブ挿入術の他に、耳鼻咽喉科と協力して涙嚢鼻腔吻合術（DCR鼻内法）も行っています。
先天鼻涙管閉塞に対する治療も行っておりますが、全身麻酔下の涙管チューブ挿入術は現在行っておりません。